Baltymų molekulinės masės skaičiuoklė

Autorius: Henrick Yau
- July 21, 2026
| |

Baltymų molekulinės masės skaičiuoklė

0
Tinkama

Baltymo molekulinė masė apskaičiuojama sumuojant vidutines izotopines jo aminorūgščių liekanų mases:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptidas} \times MW_{H_2O}) \]

Kur:

  • \(n_i\) = Kiekvienos aminorūgšties kiekis sekoje
  • \(MW_i\) = Kiekvienos aminorūgšties molekulinė masė
  • \(n_{peptidas}\) = Bendras peptidinių ryšių skaičius
  • \(MW_{H_2O}\) = Vandens molekulės molekulinė masė (18,02 Da)

Kas yra baltymo molekulinės masės skaičiuoklė?

Baltymo molekulinės masės skaičiuoklė padeda nustatyti baltymo molekulinę masę pagal jo aminorūgščių seką ar sudėtį. Ji taip pat apskaičiuoja papildomas savybes, tokias kaip teorinis izoelektrinis taškas (pI), ekstinkcijos koeficientas, hidrofobiškumas (GRAVY balas) ir grynasis krūvis esant pH 7.

Kaip naudotis skaičiuokle

Skaičiuoklė siūlo kelis būdus įvesti baltymo duomenis:

  • Sekos metodas: Įveskite baltymo seką naudodami vienos raidės aminorūgščių kodus.
  • Sudėties metodas: Rankiniu būdu įveskite kiekvienos aminorūgšties kiekį.
  • Išplėstinės parinktys: Taikykite modifikacijas, tokias kaip acetilinimas, disulfidiniai ryšiai ar galinių grupių modifikacijos.

Pagrindinės funkcijos

  • Apskaičiuoja molekulinę masę tiek Daltonais (Da), tiek kilodaltonais (kDa).
  • Nustato teorinį pI pagal aminorūgščių pKa vertes.
  • Apskaičiuoja ekstinkcijos koeficientą UV absorbcijai esant 280 nm.
  • Įvertina hidrofobiškumą naudojant GRAVY balą.
  • Atsižvelgia į pasirinktines modifikacijas, tokias kaip fosforilinimas, metilinimas ir amidinimas.

Kodėl baltymo molekulinė masė yra svarbi?

Žinoti baltymo molekulinę masę yra būtina:

  • Elektroforezės analizei (SDS-PAGE, Western blot).
  • Masių spektrometrijos identifikavimui.
  • Baltymų gryninimui ir chromatografijai.
  • Struktūriniams ir funkciniams tyrimams.

Dažnai užduodami klausimai

Kaip apskaičiuojamas teorinis pI?

Izoelektrinis taškas (pI) yra pH, kuriame baltymas neturi grynojo krūvio. Jis apskaičiuojamas naudojant Hendersono-Hasselbalcho lygtį:

\[ pI = \frac{pKa_{teig} + pKa_{neig}}{2} \]

Kas yra ekstinkcijos koeficientas?

Ekstinkcijos koeficientas apskaičiuojamas naudojant triptofano (W), tirozino (Y) ir cistino (C) liekanų skaičių:

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Kaip skaičiuoklė tvarko modifikacijas?

Skaičiuoklė leidžia taikyti įvairias potransliacines modifikacijas, kurios pridedamos prie baltymo molekulinės masės arba iš jos atimamos.

Kas yra GRAVY balas?

Vidutinis hidropatijos balas (GRAVY) yra baltymo hidrofobiškumo matas. Jis apskaičiuojamas taip:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hidropatija_{AA} \times n_{AA})}{Iš\ viso\ aminorūgščių} \]

Kodėl į skaičiavimą įtraukiama vandens molekulė?

Kiekvienas peptidinio ryšio susidarymas lemia vienos vandens molekulės praradimą, todėl bendra masė atitinkamai koreguojama.

Išvada

Baltymo molekulinės masės skaičiuoklė yra vertinga priemonė biochemijos ir molekulinės biologijos tyrėjams bei studentams. Nesvarbu, ar analizuojate baltymo struktūrą, atliekate eksperimentus, ar interpretuojate rezultatus, ši priemonė greitai ir tiksliai pateikia esmines molekulines savybes.